

Os fundamentos desta casa religiosa, sem dúvida das mais antigas de Évora e o decano da sua Ordem em Portugal, são remontáveis, segundo as crónicas a 1224. Embora esta data exija reflexão crítica, parece não haver dúvida que o mosteiro, então situado extra-muros, já existia em 1250, ano em que, por escritura pública os esposos João Esteves e Maria Martins lhe concederam certas terras na Corredoura.
Na igreja primitiva se realizaram alguns fastos históricos de rememoração nacional, como: matrimónios do infante D. Pedro, futuro rei, com D. Constança Manuel, ajuramentado pelo bispo de Lamego, D. Fr. Salvador, em 5 de Janeiro de 1336; da infanta O. Maria, filha do mesmo monarca, com D. Fernando de Aragão, Marquês de Tolosa, em 1345, e dos príncipes herdeiros D. Afonso de Portugal com D. Isabel de Castela, em 1490, cerimónia que foi considerada pelos escritores coevos como a mais célebre e pomposa dos anais portugueses.
No reinado de D. Afonso V, a consentimento da comunidade, a corte instalou-se em parte do edifício e veio a ocupar as suas mais belas partes; os soberanos subsequentes, nomeadamente O. Manuel e D. João III enriqueceram-no notavelmente e transformaram o templo em capela real.
Na sala dos Estudos se lavrou a sentença do Tribunal da Relação que condenou à morte o Duque de Bragança D. Fernando n, em 1483.
No templo se encontrava o Venturoso em 1516, ouvindo missa, quando chegou a notícia da vitoria do cerco de Arzila e, no mesmo, se leram os breves pontifícios da erecção do Tribunal do Santo Ofício, em 22 de Outubro de 1536.
A Bula do Papa Leão X de 17 de Julho de 1517, transformou a comunidade de Regra Claustral na da Observância da Seráfica Província dos Algarves, facto que não diminuiu mas antes lhe aumentou as prerrogativas e excelências, sendo então denominado nas crónicas coevas de Convento do Oiro. Nele houve, durante séculos, ensino da Sagrada Teologia Especulativa, Moral e Humanidades.
Além das cortes nacionais de 1535, celebradas para reconhecimento do príncipe herdeiro D. Manuel, ao mesmo edifício andam ligados outros episódios de singular importância, como visitas régias de D. Sebastião e Filipe II.
O assalto francês de 1808 prejudicou gravemente a instituição. Valores materiais, objectos sagrados de ourivesaria, escultura e paramentaria artística desapareceram na voragem criminosa do saque.
Já nas vésperas da rebelião armada dos eborenses contra Junot, a Junta Militar de ocupação, por decreto de 1 de Fevereiro do mesmo ano, determinara o arrolamento e apreensão de duas arrobas e dezoito arráteis de prata dos altares de S. Francisco, além de mais quatro arrobas e trinta anateis do mesmo metal precioso de obras de arte, que era patrimonial da Irmandade da Ordem Terceira.
Após a secularização de 1834, o Estado cedeu parte do imóvel à Câmara Municipal, que instalou no Refeitório manuelino o Tribunal Judicial da Comarca com feição temporária.
Por Portaria de 4 de Maio de 1840 foi autorizada, superiormente, a transferência da sede da antiquíssima freguesia de S. Pedro para esta igreja, então fechada ao culto e, pouco tempo depois, encontrando-se o monumento muito maltratado pela acção do tempo, sofreu uma reparação de vulto dirigida pelo arquitecto inglês John Bouvie Júnior (1860-62).
No ano de 1865, determinando o Município desafrontar o templo e construir uma praça nos terrenos do extinto convento, então já muito arruinado, obteve a doação dos restos do venerando edifício, que vendeu em hasta pública, finalmente, segundo carta de lei datada de 19 de Abril de 1892, ao Dr. Francisco Fragoso de Barahona, que o adquiriu pelo lanço de 401 000 rs.
Este mesmo benemérito, em 1895, determinou colaborar na salvação da igreja, que então mostrava fendas nas fachadas de certa gravidade e outorgou a empreitada do restauro aos mestres de obras Olímpio de Mira Coelho e José Maria da Costa. Pela mesma altura deu-se fim ao histórico mosteiro de S. Francisco e inicio ao casario ora existente, que se estende pelas ruas da República, 24 de Julho e Praça 28 de Maio, salvando-se dele, somente, parte do claustro trecentista, sala capitular, capela dos Ossos, coro alto e alguns anexos sobrepostos a este corpo meridional.